A comissão especial tem por finalidade atender demandas específicas de caráter transitório. Ela se manifesta sobre assuntos de sua competência mediante relatório conclusivo ou ato administrativo da espécie Deliberação, de acordo com as características de suas atividades.
A composição e as competências de cada comissão especial são regulamentadas por normativo específico.
São instituídas pelo Plenário do Confea as seguintes comissões especiais:
a) Comissão do Mérito – CME;
b) Comissão Eleitoral Federal – CEF; e
c) Comissão Organizadora Nacional – CON.
O Plenário pode instituir, por meio de decisão plenária, outras comissões especiais, inclusive para instauração de sindicância ou processo administrativo, de modo a atender suas necessidades.