Além das instâncias institucionais da estrutura do Confea, aquelas previstas pelo Regimento – Plenário, Conselho Diretor, Comitê de Avaliação e Articulação, comissões permanentes, especiais e temáticas, bem como grupos de trabalho –, há alguns colegiados para tratar de assuntos administrativos específicos. Cada um possui regramento, composição e funcionamento próprios.

Atualmente, o Confea conta com os seguintes colegiados administrativos:

a)    Conselho Gestor do Prodesu;

b)    Conselho de Comunicação e Marketing;

c)    Comitê de Gestão Estratégica;

d)    Comitê Gestor de Tecnologia da Informação;

e)    Comitê Gestor do SEI;

f)    Comitê Gestor de Estratégia do Sistema; e

g)   Comitê Técnico-Operacional do Sistema.