Para tratar preliminarmente e de forma mais específica e aprofundada as matérias que serão objeto de apreciação pelo Plenário, existem as comissões permanentes e especiais, previstas no Regimento do Confea. Com base em instruções técnicas e outros documentos instrutórios elaborados pelo corpo funcional do Confea, essas comissões estudam e discutem todos os dados, antecedentes, circunstâncias e conveniência de um projeto a fim de formar um consenso, o qual, emitido sob a forma de deliberação ou relatório conclusivo, irá orientar o Plenário na apreciação da matéria.

As comissões deliberativas do Confea se subdividem em:

a)    Permanentes; e

b)    Especiais.